東京地方裁判所（民事１８部　岩田好ニ裁判長）は、２００２年８月２７日、７３１部隊細菌戦国家賠償請求訴訟（原告・中国人被害者１８０名）において、７３１部隊等の旧帝国陸軍防疫給水部が、生物兵器に関する開発のための研究及び同兵器の製造を行い、中国各地で細菌兵器の実戦使用（細菌戦）を実行した事実を認定した。
　すなわち、判決は、「７３１部隊は陸軍中央の指令に基づき、１９４０年の浙江省の衢州、寧波、１９４１年の湖南省の常徳に、ペスト菌を感染させたノミを空中散布し、１９４２年に浙江省江山でコレラ菌を井戸や食物に混入させる等して細菌戦を実施した。ペスト菌の伝播（でんぱ）で被害地は８カ所に増え、細菌戦での死者数も約１万人いる」と認定した。
　さらに判決は、細菌戦が第２次世界大戦前に結ばれたハーグ条約などで禁止されていたと認定した。
　しかしながら、原告の請求（謝罪と賠償）に関しては全面的に棄却した。
　一方判決は、法的な枠組みに従えば違法性はないとしながらも、「本件細菌戦被害者に対し我が国が何らかの補償等を検討するとなれば、我が国の国内法ないしは国内的措置によって対処することになると考えられるところ、何らかの対処をするかどうか、仮に何らかの対処をする場合にどのような内容の対処をするのかは、国会において、以上に説示したような事情等の様々な事情を前提に、高次の裁量により決すべき性格のものと解される。」と指摘し、政府の対応を求めている。